分子動力学シミュレーションの世界へようこそ!

Welcome to the World of Molecular Dynamics!

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   DNAの構造


分子動力学(MD)シミュレーションとは

何をするものなの?

分子動力学シミュレーションでは、 ある分子(例えばタンパク質)を構成している原子それぞれについて 時間に対する原子の位置と速度を計算し、 その分子の動きをシミュレートします。

何が出来るの?

実験では得られないような高い解像度で、 タンパク質の構造や、その揺らぎについての情報を得ることが出来ます。 いわば、原子レベルの顕微鏡と言えるでしょう。

今後の展望は?

すでに製薬関連では新薬のデザインに応用されております。 今後、高速な計算機が出来れば、タンパク質の折り畳み過程を追いかけたり、 酵素の働きをシミュレート出来るかもしれません。 なお、山登研究室ではMD専用高速計算機「MD−GRAPE」が 現在稼働中です。(専用計算ボードについては、 (株)画像技研をご覧下さい。)

山登研ではどんなことを研究しているか

大腸菌外膜チャネルタンパク質ポリンのMDシミュレーション
大腸菌トリプトファンリプレッサータンパク質のMD/FEP
大腸菌HPrタンパク質のMD


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